El govern d’Espartero va liquidar els moviments insurreccionals de caire popular i el 3 de desembre de 1842, com a càstig a una revolta espontània de protesta, va ordenar el bombardeig de la ciutat des del Castell durant dotze hores ininterrompudes. Els canons van llançar fins a 1.014 bombes que van provocar un mínim de vint morts i destrosses per tota la ciutat. Al moment d’entrar-hi les autoritats, segons un testimoni contemporani, “La ciutat oferia un aspecte sepulcral: portes i botigues tancades, els carrers gairebé deserts, en alguns el pas obstruït per les ruïnes i runes de les cases enderrocades i cobertes pel fum que sortia de molts edificis que encara cremaven…”. Un any després, el 2 de setembre de 1843, es va formar la Junta Suprema Provincial, amb la qual es va iniciar la revolta coneguda com “la Jamància”, que demandava una millor redistribució de la riquesa. El 10 de novembre s’inicià des de Montjuïc un altre bombardeig sistemàtic a Barcelona durant dos mesos, que es va saldar amb 335 morts, 354 ferits i nombroses destrosses materials, fins al punt que al voltant de 40.000 persones van fugir de la ciutat. El juliol de 1856 es tornaria a bombardejar un cop més la ciutat des de Montjuïc, juntament amb la Ciutadella i les Drassanes, aquesta vegada per ordre del capità general Juan Zapatero i com a conseqüència del moviment popular sorgit arran del cop d’estat per expulsar els progressistes del govern. En aquesta ocasió es va ocupar la ciutat militarment i la repressió posterior va causar més de 400 morts.
Al darrer quart de segle, Montjuïc va esdevenir lloc de reclusió d’anarquistes, sindicalistes i revolucionaris que protagonitzaren diversos atemptats i actes terroristes a Barcelona, i es va convertir en escenari de consells de guerra contra civils, i d’afusellaments. El 1896, unes 700 persones van ser arrestades a causa de l’atemptat anarquista al carrer dels Canvis Nous, durant la processó de Corpus, que va provocar dotze morts. La policia, incapaç d’investigar amb professionalitat els fets, va practicar detencions massives. Es tractava, d’una banda, d’una acció impune contra adversaris ideològics del règim amb la intenció de desarticular l’anarquisme i intimidar el republicanisme, i, per l’altra, de trobar els culpables de l’atemptat. La majoria dels detinguts van ser empresonats, torturats i jutjats a Montjuïc, i finalment quatre dels processats van ser condemnats a mort i afusellats al fossat, i seixanta-set van ser sentenciats a penes de presó d'entre vuit i vint anys. Aquests fets van ser coneguts com el Procés de Montjuïc i van ser denunciats internacionalment gràcies a la pressió exercida per la ciutat, de manera que el govern de l’estat va haver d’indultar el presoners el 1901.
Durant els fets de la Setmana Tràgica, el Castell va conservar la seva condició repressiva a causa de la vaga general declarada el 1909 contra l’ordre del govern d’enviar reservistes a la guerra colonial del Marroc. La vaga es va convertir en una revolta amb actes vandàlics, crema d’esglésies i profanació de tombes, amb un resultat de més de 100 morts, durant la qual es van detenir unes 2.000 persones. 5 d’aquestes van ser afusellades als fossats. Aquest va ser el cas del pedagog llibertari i creador de l’Escola Moderna, Francesc Ferrer i Guàrdia. Posteriorment, el 1919, arran de la vaga general d’un mes i mig convocada amb motiu de l’acomiadament de vuit treballadors de la central elèctrica de La Canadenca, uns 3.000 treballadors van ser empresonats al Castell per haver-se negat a ser mobilitzats per l’exèrcit, per ordre del capità general Milans del Bosch.