El 15 de junio de 2008 tuvo lugar una gran fiesta popular para celebrar su recuperación para usos civiles, sociales y culturales, con actos de homenaje al presidente de la Generalitat Lluís Companys y al pedagogo Francesc Ferrer i Guàrdia, ambos fusilados en el Castillo.
A partir de la orden ministerial de 2007, también se inició el proceso de desmantelamiento del Museo Militar, que cerró definitivamente sus puertas el 24 de mayo de 2009. Se catalogaron y embalaron todas las piezas, y se inició el traslado a los Museos municipales –de todas aquellas que eran propiedad del Ayuntamiento- y a Girona –de las que eran del Ministerio de Defensa.
De este modo se inició un primer periodo de rehabilitación de salas y espacios polivalentes del Castillo en el marco del Plan Director del Castillo de Montjuïc de abril de 2010. El 15 de octubre de 2011 tuvo lugar otro gesto en este sentido, y tanto la Generalitat como el Ayuntamiento de Barcelona recuperaron la bandera catalana que había izado el presidente Companys en 1936, cuando recuperó el Castillo para la ciudad.