Per controlar la manera com es gastaven els diners es va crear la Comissaria Règia, presidida pel banquer Manel Girona i Agrafel, que també va funcionar com a enllaç institucional entre l’ajuntament i el govern. La Comissaria Règia negociaria els temes referents a la supressió dels aranzels, l’agilització de tràmits duaners o la negociació amb els militars, que encara ocupaven alguns espais de la Ciutadella. També s’encarregaria de gestionar la "secció oficial", és a dir, els objectes exposats pels diferents organismes estatals.

Davant l'evidència que era impossible obrir el setembre del 1887 es va posposar la inauguració fins al 8 d’abril de 1888, per guanyar uns mesos de marge. Malauradament, l’obertura no es podia endarrerir més per evitar que l'exposició de Barcelona coincidís amb la de París del 1889, amb la qual no podria competir. Tot i això, fou inevitable que l’exposició de Barcelona coincidís amb d'altres quatre, de caràcter internacional, que se celebraren el mateix 1888 a Copenhaguen, Melbourne, Brussel·les i Glasgow.

A partir d’aquest moment s’inicià una tasca frenètica d’organització en la qual s’implicaren, a més del govern, els prohoms de la ciutat, així com els estaments de la societat civil catalana, amb l’excepció notable del Centre Català de Valentí Almirall, que s’hi oposà en considerar que deslegitimaria les reivindicacions històriques de Catalunya exposades a Alfons XII en el Memorial de Greuges del 1885.