Els agents biològics fan un paper important en el deteriorament dels fons documentals. Es desenvolupen en ambients que els són favorables; la seva activitat biològica està directament relacionada amb la ubicació dels dipòsits, amb els materials que constitueixen els documents i també amb l'activitat humana dins dels dipòsits (freqüència d'arxivament i desarxivament, revisions, neteja, etc.).

Els més comuns són els rosegadors, els insectes i els microorganismes. Aquests agents poden arribar a provocar alguna mena d'alteració en els suports documentals, sigui de caràcter químic, mecànic o cromàtic.

Els rosegadors

Utilitzen el paper i altres materials per construir els nius, on acostumen a dipositar-hi orina i excrements. També poden rosegar el paper o altres classes de suports, com la pell o el pergamí.

Els insectes

Aquests agents ocasionen danys fisiomecànics, fonamentalment, i alteracions cromàtiques als suports que infesten. Cada espècie produeix un tipus d'erosió biològica d'aspecte molt característic.

Els insectes més comuns que ataquen el paper són la panerola, el lepisma, el poll del llibre, la termita i els corcs.

Els microorganismes

L'activitat dels microorganismes sobre la documentació té un doble efecte negatiu. D'una banda, ataquen el suport excretant substàncies deteriorants que faciliten la ingestió de la matèria que els servirà d'aliment, i d'una altra, la seva presència pot provocar malalties a les persones que entren en contacte amb els materials contaminats.

De tots els grups microbians coneguts, els més freqüents als arxius són els bacteris i els fongs microscòpics (micromicets).

El fet que poden reproduir asexualment fa que les seves colònies s'expandeixin molt ràpidament i provoca una gran dificultat a l'hora d'erradicar-los.

Els bacteris són organismes microscòpics unicel·lulars sense nucli diferenciat, que es multipliquen per fissió binària o bipartició.

• En condicions desfavorables alguns bacteris experimenten canvis, dels quals resulta la formació d'espores intracel·lulars (endòspores).
• Normalment, es desenvolupen en pH de caràcter alcalí (7-8) i temperatures de 25-37 °C, encara que moltes espècies toleren temperatures extremes.
• La majoria de bacteris són heteròtrofs, és a dir, obtenen l'energia necessària per als processos vitals a partir de substàncies orgàniques del medi, com els carbohidrats, les proteïnes, etc. Per dur a terme aquestes reaccions, produeixen enzims o catalitzadors biològics, que tenen un paper fonamental en el metabolisme microbià.
• Moltes espècies excreten pigments i produeixen substàncies que poden afectar la documentació: cel·lulases, oxidases, proteases, àcid acètic, àcid làctic, etc.
• L'activitat que deteriora la documentació varia segons el gènere: taques violàcies, decoloració del suport, acidificació, deteriorament de les fibres cel·lulòsiques, etc.

Els fongs microscòpics (micromicets) són organismes microscòpics pluricel·lulars amb nucli diferenciat i un metabolisme complex i versàtil, que els permet utilitzar una àmplia gamma de substàncies com a font d'energia.

• Els fongs requereixen un contacte estret amb el substrat a causa de la seva nutrició heteròtrofa, secreció d'enzims extracel·lulars, absorció de nutrients a través de la paret cel·lular i el creixement apical de les hifes.
• La reproducció té lloc, habitualment, per espores. Aquestes són petites i els corrents d'aire i altres agents les poden transportar fàcilment. Aquesta facilitat de disseminació és un factor principal per a la colonització dels ambients apropiats.
• En condicions desfavorables, alguns micromicets es reprodueixen sexualment, generant espores a conseqüència de la fusió de les cèl·lules diferenciades.
• Normalment, es desenvolupen en un pH de caràcter àcid (4-6), humitats relatives superiors al 65% i temperatures que s'acosten als 30 °C.
• En presència d'un subministrament exterior de sucres o un altre aliment orgànic, molts fongs exhibeixen una sorprenent capacitat de síntesi i produeixen una gran varietat de substàncies orgàniques complexes: àcids orgànics, enzims, pigments, substàncies antibiòtiques, etc.
• L'activitat que deteriora la documentació varia segons el gènere: taques micel·lars de diferents colors, decoloració, acidificació, degradació de les fibres cel·lulòsiques, etc.