Los fondos institucionales reúnen los documentos de instituciones autónomas e independientes pero con funciones públicas o de interés público. La custodia de los fondos institucionales del AHCB es resultado, en algunos casos, de la estrecha vinculación entre la institución y el Ayuntamiento y, en otras, de la voluntad de la institución cuyos fondos fueran ingresados y custodiados por el Ayuntamiento.

• Arxiu Notarial
• Audiència de Barcelona. Fons Comercial
• Cartoixa de Montalegre
• Centúria Pi i Sunyer
• Comissió Organitzadora del Centenari del Romanticisme. Barcelona 1830-1930 (F107)
• Cúria del Veguer i del Corregidor
• Diputació Provincial de Catalunya
• Fundacions Massana
• Hospital de Sant Sever
• Institut de Cultura i Biblioteca Popular de la Dona
• Jocs Florals de Barcelona
• Junta de Comerç (caixes / volums)
• Olimpiada Popular de Barcelona
• Reial Audiència de Catalunya
• Reial Junta de Pavellons