La col·lecció de bonsai del Jardí Botànic té el seu origen en el llegat que la família de Pere Duran i Farell va deixar al Jardí. Aquest enginyer, empresari i decidit impulsor del Jardí, també va ser un reconegut mestre en el món del bonsai. Des que es va iniciar en aquest art al començament dels anys vuitanta i fins a l'any de la seva mort, 1999, va desenvolupar i reunir una notable col·lecció de 108 bonsais d'espècies mediterrànies, 80 de les quals es troben a la col·lecció del Jardí.

El Jardí Botànic de Barcelona ha conservat i ampliat aquesta col·lecció a través d'adquisicions, altres donacions o recuperacions i actualment consta de 342 exemplars. Hi ha un espai habilitat als vivers del Jardí on es poden veure exposats 36 bonsais que varien segons les estacions i les necessitats de cada exemplar. Alguns arbres s'exposen amb plantes d'accent (plantes d'acompanyament) que complementen i realcen la bellesa de l'arbre i que, a més, imiten la manera com es mostren tradicionalment al Japó.