Esta victoria animó a las fuerzas aliadas a adentrarse hacia Aragón y Castilla, y llegaron hasta Madrid. El 2 de julio de 1706, el pretendiente Habsburgo fue proclamado rey en la capital del Estado. Estuvo en ella pocos días, a causa de la presión de los ejércitos borbónicos que se habían reorganizado y contraatacaban. En marzo de 1707, Carlos III ya volvía a estar en Barcelona. Los aliados se retiraron en dirección a Valencia, y el 25 de abril de 1707 sufrieron su peor derrota en la batalla de Almansa. Los reinos de Valencia y Aragón cayeron en manos de Felipe V, y este rey decretó, el 29 de junio, la abolición de todos sus fueros y privilegios. Tras la guerra venía un nuevo modelo político centralista. Lérida cayó el 10 de noviembre de 1707, y Tortosa el 9 de julio de 1708.

Cataluña estaba de nuevo rodeada por el ejército borbónico, y una parte de su propio territorio estaba ya bajo su control. Esta vez, Felipe V quería avanzar hacia Barcelona poco a poco, asegurando el terreno conquistado, una estrategia bien diferente de la utilizada en la ofensiva de 1706. En una frontera situada a poco más de cien kilómetros alrededor de Barcelona, los avances eran escasos, y a menudo las villas y los pueblos cambiaban de manos. Esta situación del frente se mantuvo con pocas diferencias hasta 1711, aunque la Cataluña libre iba reduciendo su perímetro.

En el siglo XVIII, cien kilómetros eran una distancia importante. Barcelona vivía entre la alerta por las acciones del enemigo y la fiesta cortesana organizada en la corte de Carlos III. El 23 de abril de 1708, el archiduque contrajo matrimonio por poderes, en Viena, con Isabel Cristina de Brunswick. La princesa llegó al puerto de Mataró y, el día 1 de agosto de 1708, hizo la entrada en Barcelona y oficializó su matrimonio en Santa Maria del Mar. Isabel no había cumplido todavía 17 años, y el archiduque tenía 22 años. Su residencia oficial era el Palacio Real Nuevo, que se encontraba en la plaza de Palau y comunicaba por un pasillo con el templo de Santa Maria del Mar. Sin embargo, en primavera y en verano buscaban aire más fresco. Sabemos, por ejemplo, que en abril y mayo de 1709 hicieron una larga estancia en la torre de Ignasi Fontaner i Martell, importante comerciante, en Horta. El 24 de mayo, Carlos e Isabel fueron a Sant Andreu a pasar revista a las tropas, y regresaron a Horta. Narcís Feliu de la Penya recogió esta estancia en sus Anales de Cataluña: “El Rey y Reyna, en esste tiempo desde 13 de abril hasta 28 de mayo, se hallaron entretenidos en el ameno y plausible País de Orta, á una Legua de Barcelona, en la Casa de Don Ignacio Fontanér, no omitiendo lo que conducia al Govierno Militar, y Político, y á sus devotos exercicios” (Anales, III, p. 635). Horta era un buen lugar para descansar.

La guerra en Cataluña se encontraba atascada, con tendencia negativa, mientras que en Europa los aliados ganaban terreno. A principios de 1710, los miembros de la Gran Alianza proyectaron una nueva ofensiva para destronar definitivamente a Felipe V. Durante los meses siguientes, diversas flotas aliadas transportaron abundantes cargamentos de trigo y víveres y desembarcaron un ejército de unos veinticinco mil soldados de diferentes nacionalidades. El 27 de julio, una importante batalla en Almenar (el Segrià) rompió las posiciones borbónicas, provocó la huida desorganizada de sus tropas y Felipe V estuvo a punto de caer prisionero. Con este impulso, Zaragoza cayó el 20 de agosto, y el 28 de setiembre el archiduque Carlos entró de nuevo en Madrid. Su estancia fue corta, como en la ocasión anterior, ya que el 15 de diciembre ya estaba de vuelta en Barcelona. Algunos nobles y militares castellanos se pasaron al bando austriacista, como por ejemplo Antonio de Villarroel, el general que más tarde dirigió la resistencia de Barcelona. La contraofensiva borbónica, dirigida por el duque de Vendôme, fue inmediata y dura. Pronto recuperaron todo el terreno perdido y mejoraron las posiciones anteriores. Gerona cayó a finales de enero de 1711.

El pesimismo se extendía a todos los niveles. Diversos hechos lo confirmaban. El 17 de abril de 1711 murió en Viena el emperador José I, y lo sucedió el archiduque Carlos. Cinco días después, Inglaterra inició negociaciones secretas con Francia para poner fin a la guerra. El 27 de setiembre, Carlos salió de Barcelona para ser coronado emperador en Viena con el nombre de Carlos VI. Nunca regresaría a Cataluña. Dejó como lugarteniente o virreina a su esposa, Isabel. El nuevo año, 1712, se estrenó con el inicio oficial de negociaciones entre Inglaterra y Francia, que condujeron al tratado de Utrecht, que se firmó el 14 de marzo de 1713. Medio año antes de esta fecha, las tropas inglesas ya habían abandonado al ejército aliado. Para completar esta nefasta agenda, el 19 de marzo, Isabel se embarcó en dirección a Viena, y quedó como virrey el mariscal Guido Starhemberg. El 21 de junio de 1713 se firmó el convenio de L’Hospitalet, un pacto de retirada ordenada de las tropas aliadas, sin consultar a las instituciones catalanas. En tres años se había pasado de una ofensiva general a una retirada, también general, de las fuerzas aliadas. Cataluña quedaba sola frente a su futuro.

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