En 1998 se inició la remodelación del mercado, que comportó la reforma del pavimento y la cubierta y la construcción de plantas subterráneas para la carga y descarga, almacenes y recogida de residuos.

También se construyó un nuevo edificio en la parte posterior para ubicar las dependencias administrativas del mercado, y se recuperó la plaza porticada con la supresión y recolocación de los noventa pequeños puestos que ocupaban los porches y las columnas de la plaza. Esta última actuación permite la entrada de luz natural en el mercado, que recobra su aspecto original.

El coste total de la remodelación fue de 1.422 millones de pesetas (unos 8,5 millones de euros); 3 millones de euros se aportaron desde los fondos europeos. La inauguración tuvo lugar el 21 de abril de 2001.