La fase de ejecución del presupuesto es aquella en la que a lo largo del año presupuestario (del 1 de enero a 31 de diciembre) se van obteniendo y recaudando los ingresos y se van realizando los gastos presupuestados. Durante esta fase se pueden producir modificaciones en los ingresos y los gastos en lo aprobado inicialmente en el presupuesto (presupuesto inicial), dando lugar a lo que se conoce como presupuesto definitivo. Las modificaciones que se pueden producir en el presupuesto responden a unas tipologías y elementos definidos concretamente por la normativa de haciendas locales y de estabilidad presupuestaria.

Durante la fase de ejecución se llevan a cabo los controles necesarios con el fin de poder verificar (y llevar a cabo medidas correctoras si es el caso) el cumplimiento de los objetivos financieros del presupuesto y de la programación de actuaciones y proyectos prevista.

Una vez finalizado el ejercicio presupuestario, se formulan las cuentas anuales del Ayuntamiento (Cuenta General) y se realizan los informes financieros anuales.