El protocolo de amistad y cooperación entre las ciudades de Atenas y Barcelona se firmó el 16 de febrero de 1999 en Atenas. Se trata de un acuerdo marco en el que se prevé el intercambio de información y de experiencias en materia de administración municipal relacionada con los juegos olímpicos, así como la colaboración entre ambas ciudades en ámbitos de interés mutuo,

En los últimos años las relaciones entre ambas ciudades se han fortalecido, centradas en una estrategia común de acogida a los refugiados. Esta colaboración se ha visto reflejada en la iniciativa Solidarity Cities de Eurocities, promovida por ambas ciudades para consolidar esfuerzos y empoderar a las ciudades para la acogida de refugiados y migrantes.