El 15 de juny de 2008 va tenir lloc una gran festa popular per celebrar la seva recuperació per a usos civils, socials i culturals, amb actes d’homenatge al president de la Generalitat Lluís Companys, i al pedagog Francesc Ferrer i Guàrdia, ambdós afusellats al Castell.
A partir de l’ordre ministerial de 2007 també es va iniciar el procés de desmantellament del Museu Militar, que va tancar definitivament les portes el 24 de maig de 2009. Es van catalogar i embalar totes les peces i se’n va iniciar el trasllat cap als museus municipals (si eren propietat de l’Ajuntament) i cap a Girona (si eren del Ministerio de Defensa).
D’aquesta manera s’iniciava un primer període de rehabilitacions de sales i espais polivalents del Castell, en el marc del Pla Director del Castell de Montjuïc d’abril de 2010. El 15 d’octubre de 2011 va tenir lloc un altre gest en aquest sentit, i la Generalitat i l’Ajuntament de Barcelona van reposar la bandera catalana que havia hissat el president Companys el 1936, quan havia recuperat el Castell per a la ciutat.