El Projecte d’ordenació d’arxius
La gran transformació
En aquest període es va iniciar la millora de les infraestructures arxivístiques, la dotació de mitjans i recursos i la normalització de la funció arxivística.
El 1986. Un model arxivístic homogeni
Per decret d'Alcaldia es va endegar el Projecte d'ordenació d'arxius de l'Ajuntament de Barcelona (1987-1988) amb la intenció de dur a terme una anàlisi exhaustiva de la situació de la documentació a les oficines i els òrgans dependents de l'Administració municipal i, consegüentment, elaborar un primer pla d'actuació vers un model arxivístic homogeni.
L'arxiver i historiador Ramon Alberch i Fugueras, director del projecte, va ser nomenat arxiver en cap de l'Ajuntament de Barcelona del 1990 al 2004.
El 1988. Apropament als barris
Es va crear la xarxa d'arxius municipals de districte, com a conseqüència de la voluntat descentralitzadora del Govern municipal i també com un instrument de recuperació de la personalitat històrica dels antics municipis i barris que integren l’actual municipi de Barcelona.
El 1990. Les noves normes
Es van aprovar les normes reguladores de l'organització i funcionament del Sistema Municipal d’Arxius, en què es recullen els principis normatius que havien de regir les actuacions dels arxius de les oficines, de l'Arxiu Municipal Administratiu, de l'Arxiu Històric de la Ciutat de Barcelona (AHCB) i de la xarxa d'arxius municipals de districte (AMD).
El 1991. Tria i eliminació
Va entrar en funcionament la Comissió de Tria i Eliminació de Documentació Municipal de l'Ajuntament de Barcelona, formada per arxivers, treballadors municipals , juristes i historiadors.
El 1992. Arriba l’AIDA
Es va crear el sistema AIDA (Administració Integral de Documents i Arxius), que incorporava els elements següents: quadre de classificació funcional de documents, mètode de descripció documental, calendari de conservació, aplicació informàtica per a la documentació activa, semiactiva i inactiva.
El 1998-2006. Reformes i millores
Entre el 1991 i el 1998 la Casa de l’Ardiaca es va reformar per consolidar l’edifici i millorar les condicions de consulta i conservació de la documentació.
El 2003 va començar la segona fase d'ampliació i remodelació de les instal·lacions de l’Arxiu Administratiu.
El 2006 es va inaugurar la nova seu de la secció fotogràfica de l’AHCB al Convent de Sant Agustí.