L’organització i funcionament del CMLGTBI estan definits per les Normes reguladores de participació ciutadana, els articles 59 i 60 de la Llei municipal i de règim local de Catalunya i els articles 8, 30 i següents de la Carta de Barcelona, així com pel seu Reglament de funcionament intern. Són òrgans del CMLGTBI la Presidència i la Vicepresidència, el Plenari i la Comissió Permanent, els grups de treball i la Secretaria.
  • La Presidència correspon a l’alcalde o alcaldessa, que pot delegar en el regidor o regidora a responsable d’aquesta temàtica, mentre que la Vicepresidència correspon a una persona membre escollida entre els o les representants de les associacions que formen part del Consell.
  • El Plenari és l’òrgan de màxima representació: es reuneix com a mínim dues vegades l’any i tria la seva representació al Consell de Ciutat i la Vicepresidència, al mateix temps que decideix sobre l’oportunitat de crear grups de treball específics en funció de les matèries que cal desenvolupar.
  • D’altra banda, la Comissió Permanent és l’òrgan de continuïtat del Consell, es reuneix amb una periodicitat bimensual i s’encarrega de discutir, emetre informes, estudiar els assumptes i fer propostes seguint la seva iniciativa o a instància del mateix Plenari.
  • El CMLGTBI disposa d’una Secretaria que actua com a suport tècnic i de gestió per fer-ne sostenible la organització i funcionament.