El Museu Blau és el primer museu català que té un Consell d'Infants, un equip assessor de nens i nenes, que està format per alumnes de dues escoles del districte de Sant Martí.  

El Consell d’infants actua com a equip assessor en relació al funcionament de l’espai, els continguts i les activitats del Museu Blau. Està format  per 16 nens i nenes de cinquè i sisè de primària de les escoles Els Porxos i Els Horts del districte de Sant Martí. 

La idea dels "consells d'infants" va sorgir del projecte La città dei bambini,  impulsat per Francesco Tonucci a principis dels anys 90, que proposa una nova filosofia de govern de les ciutats que incorpori la mirada dels infants com a garantia d'inclusivitat per a tothom. Els consells d’infants tenen la missió de recollir les idees, propostes i queixes de la ciutadania infantil i juvenil i incorporar al funcionament de les institucions aquelles iniciatives que siguin viables. La seva missió és reconèixer la capacitat de  nens i nenes d’expressar les seves opinions i el seu dret de participar en les decisions que els afecten. 

Els consells d’infants poden funcionar a pobles i ciutats —a Catalunya n’hi ha a una quarantena de municipis—i també a escoles, hospitals, esplais, museus i a totes aquelles institucions on la presència d’infants és  significativa. La iniciativa del Museu Blau agafa com a referència l'experiència del Consell d’infants del Parque de las Ciencias de Granada, creat l’any 2004.